Pendidikan Ilmu Bedah di Indonesia yang diawali dengan kedatangan dokter spesialis bedah pertama dari Negeri belanda pada tahun 1889 yaitu dr CH Stratz, kemudian diikuti oleh dr JA Koch, P Koefoed, HFP Maaslans, PH Schoonzeid, HC Van den Vrijhoef pada tahun 1894. Dilanjutkan pada tahun 1915 dr R Lesk dan dr Wieberdink yang mulai mengajar di STOVIA, dengan puncaknya pada tahun 1932 dr T Reddingius diangkat menjadi guru besar ilmu bedah di Indonesia.
Pada 19 April tahun 1941 di Bandung didirikan perhimpunan Indie untuk Ilmu bedah (Nederlandsch Indische Vereeniging voor Heelkunde).
Pada tahun 1942 sudah mulai pendidikan spesialis bedah secara magang di Batavia dan Surabaya (oleh dokter bedah Belanda). Pada era kemerdekaan, pada tahun 1945 pendidikan dokter spesialis bedah oleh pendidik bangsa Indonesia dimulai, di Jakarta dibawah pimpinan dokter Sutan Asin, di Semarang dokter Margono Soekaryo, di Surabaya dokter M Soetoyo.
Pada tahun 1954, perhimpunan dokter spesialis bedah dibentuk dengan nama Perhimpunan Ahli Bedah Indonesia (PABI) dengan ketua pertama Prof dokter Margono Soekaryo diresmikan pada Kongres IDI tahun 1955 di Semarang. Pada tahun 1967 perhimpunan ini berganti nama menjadi‚ Ikatan Ahli Bedah Indonesia (IKABI)‚ pada‚ Kongres Nasional I IKABI di Semarang.
Setelah perubahan Anggaran Dasar IKABI pada Muktamar IKABI (MABI ke XIV) tahun 2002 di Denpasar Bali, sejalan dengan terbaginya IKABI menjadi 10 Organisasi Profesi Lingkungan Bedah (OPLB), dimana tujuh OPLB menjadi anggota langsung ke MPPK-IDI sebagai perhimpunan profesi, tiga OPLB yaitu IKABDI, PERABOI, PESBEVI tidak terdaftar pada MPPK-IDI, tetap melalui IKABI ke IDI. Maka sebagai konsekuensinya setiap perhimpunan membentuk kolegium masing masing secara struktural.
Kolegium Ilmu Bedah Indonesia secara defacto semula hanya mengampu pendidikan dokter spesialis Bedah Umum saja. Sesuai UU No 29 tahun 2004 Tentang praktik kedokteran, kolegium sub spesialis ; Kolegium Ilmu Bedah Digestif (KIBDI), Kolegium Bedah Onkologi, dan Kolegium Ilmu Bedah Vaskuler dan Endovaskuler berada dalam naungan Kolegium Ilmu Bedah‚ Indonesia (disingkat KIBI).
Dengan berdirinya PABI pada tahun 2002 sebagai perhimpunan dokter spesialis bedah umum dalam lingkup IKABI, maka kedudukan Kolegium Ilmu bedah‚ Indonesia yang mengampu pendidikan dan pelatihan peserta didik Program studi dokter spesialis bedah umum menjadi badan otonom didalam lingkup PABI. Akibat lanjutnya sesuai UU No 29 itu, Kolegium Ilmu Bedah Digestif, Kolegium Bedah Onkologi, Kolegium Ilmu Bedah Vaskuler dan Endovaskuler berada dalam lingkungan KIBI. Oleh karena KIBI dalam lingkungan PABI, maka representasi ketiga kolegium dan organisasi profesi dalam lingkungan Bedah Umum seyogiyanya berada dalam majelis yang menaungi KIBI.
Akhirnya Keputusan Muktamar IKABI XIX 12-14 Juli 2012 di Denpasar-Bali dilakukan pengesahan revisi AD-ART, dan kesepuluh OPLB dan Kolegium dalam lingkungan IKABI perlu menyesuaikan dengan AD-ART IKABI.